农民合作社建仓库若操作不当，可能引发以下法律风险，需提前防范。
1. 违法占地风险：例如，某合作社在未办理农用地转用审批的情况下，占用10亩耕地建设粮食仓库，被县级自然资源部门认定为违法占地，责令15日内拆除仓库，并处以耕地开垦费2倍的罚款（约5万元），造成经济损失和项目停滞。
2. 违建拆除风险：某合作社使用宅基地建仓库但未办理规划审批，乡（镇）政府以“违反村庄规划”为由下达《限期拆除通知书》，合作社虽投入30万元建设，但因无法提供合法审批文件，最终只能拆除，损失惨重。
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农民合作社建仓库时，以下错误操作可能导致合规风险，需特别避免。
1. 未查土地性质直接建设：部分合作社误以为“自家承包地可随意建仓库”，若承包地为耕地，未经农用地转用审批建仓库，属于违法占地，可能被自然资源部门责令拆除并罚款。
2. 忽视规划审批流程：仅取得土地使用权但未办理乡村建设规划许可证，仓库可能被认定为“违建”，面临限期整改风险。
3. 擅自改变宅基地用途：将合作社成员的宅基地直接改建成仓库，未向乡（镇）政府申请用途变更审批，违反宅基地用途管制规定，可能被要求恢复原状。
若您已存在类似操作或不确定是否合规，建议及时咨询律师评估风险并制定补救方案。
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农民合作社建仓库的合法性可能受以下特殊情况影响，需注意其对审批和建设的作用。
1. 农业产业融合项目的特殊政策：若合作社建仓库属于当地政府认定的“农业产业融合示范项目”，可能享受农用地转用审批简化、规划指标倾斜等优惠，例如部分地区允许此类项目占用少量耕地建仓库，无需全额缴纳耕地开垦费。
2. 宅基地“盘活利用”的例外情形：若合作社利用闲置宅基地建仓库，且仓库用于合作社成员的农业生产资料存储（如化肥、农具），部分地区乡（镇）政府可能放宽审批条件，简化用途变更流程，加快审批速度。
3. 永久基本农田的绝对限制：若拟建设仓库的土地属于永久基本农田，无论何种情况均不得用于非农业建设（包括仓库），即使申请农用地转用也无法获批，合作社需重新选择建设用地。
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针对农民合作社使用宅基地建仓库的情形，可依据《土地管理法》相关条款分析其合法性。
根据《中华人民共和国土地管理法》第六十二条规定：“农村村民建住宅，应当符合乡（镇）土地利用总体规划、村庄规划……农村村民住宅用地，由乡（镇）人民政府审核批准”。农民合作社若使用宅基地建仓库，需明确宅基地用途——宅基地原则上用于居住，若仓库为农业生产配套设施，需经乡（镇）人民政府审核是否符合村庄规划；若未经审批擅自改变宅基地用途建仓库，可能违反土地用途管制规定，面临整改或拆除风险。因此，合作社使用宅基地建仓库需先经规划审批，符合要求方可建设。

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